O Cernas está estruturado em três grupos de investigação orientados por três linhas temáticas, que são transversais ao grupo. Os grupos de investigação cooperam para a superação na investigação e para promoção do desenvolvimento através da transferência de conhecimento. Focados nos objetivos estratégicos para 2015-2020, estabelecemos sete processos principais que nos permitem entregar um conjunto alargado de produtos/processos e/ou serviços. Muitos deles servem de indicadores de performance não só para a demostração de resultados para a Fundação da Ciência e Tecnologia, mas mais importante, para que através desta monitorização possamos continuar a percorrer o caminho da excelência.