O CERNAS tem como missão criar e divulgar novos conhecimentos científicos e tecnológicos, formulando e promovendo programas de investigação e formação de qualidade, compreendendo de forma integrada as relações entre o bem-estar social, os recursos naturais e a qualidade do ambiente, avaliando o impacte do seu planeamento e gestão na sustentabilidade do desenvolvimento.

O CERNAS pretende ser uma unidade de investigação de excelência, promotora de desenvolvimento sustentado de base regional, integrada numa intervenção de âmbito global, cultivando e difundindo a ciência e a tecnologia dos recursos naturais, da alimentação e do ambiente em benefício da sociedade.